Vessel Extraction – Przetwarzanie Obrazów z Wykorzystaniem Pythona i OpenCV

Sun, 23 Feb 2025 18:00:00 +0000

Słowem wstępu

Projekt został stworzony jako ocena cząstkowa z przedmiotu informatyka w medycynie. Nie licząc hackathonu (swoją drogą, polecam wpis Macieja na temat tego wydarzenia), było to moje pierwsze poważniejsze zetknięcie z bibliotekami takimi jak PyTorch czy OpenCV.

Ponieważ zadanie okazało się dość wymagające, zmusiło mnie to do szerokiego researchu na temat różnych metod przetwarzania obrazów. Sprawdzałem dosłownie wszystko – od najprostszych filtrów po bardziej zaawansowane techniki computer vision. Dzięki temu poznałem podstawowe metody używane w tej dziedzinie, co znacznie poszerzyło moje horyzonty.

Nie będę ukrywał – momentami bywało ciężko, zwłaszcza gdy szumy na obrazach niweczyły godziny pracy nad kodem. Mimo to, wizja wykorzystania technologii do analizy obrazów medycznych była dla mnie ogromną inspiracją i napędzała mnie do działania. Czasami frustrowałem się, gdy coś nie działało zgodnie z oczekiwaniami, ale satysfakcja z działającego rozwiązania zdecydowanie wynagrodziła wszystkie trudy.

K-Nearest Neighbors (KNN) – Klasyfikacja naczyń krwionośnych

Czym jest K-Nearest Neighbors?

K-Nearest Neighbors (KNN) to jeden z najprostszych i najbardziej intuicyjnych algorytmów uczenia maszynowego. Jego działanie opiera się na założeniu, że podobne dane są blisko siebie w przestrzeni cech. W skrócie – jeśli chcesz wiedzieć, do jakiej klasy należy nowy punkt, sprawdź, do jakiej klasy należą jego najbliżsi sąsiedzi.

W przypadku projektu Vessel Extraction KNN został użyty do:

Klasyfikacji pikseli jako „naczynia krwionośne” lub „tło”,
Analizy sąsiedztwa pikseli, co pozwalało na bardziej precyzyjne rozróżnienie naczyń od szumów.

Undersampling – Jak poradziłem sobie z niezbalansowanymi danymi?

Jakie były wyzwania?

Nadmiar danych tła – Obszary bez naczyń krwionośnych (tło) dominowały na obrazach, co powodowało, że model uczył się głównie rozpoznawać tło, a nie naczynia.
Niedobór danych naczyń krwionośnych – Piksele należące do naczyń krwionośnych stanowiły mniej niż 10% wszystkich danych, co powodowało, że model bardzo szybko przeuczał się.

Jak sobie z tym poradziłem?

Postanowiłem zastosować undersampling – czyli celowe ograniczenie liczby danych tła, aby liczba pikseli naczyniowych i tła była bardziej zrównoważona. Brzmi prosto, ale wymagało to kilku przemyślanych kroków:

Wybór próbek tła:
- Nie wyrzucałem danych tła losowo, bo mogło to prowadzić do utraty ważnych informacji o kontekście obrazu.
- Skupiłem się na reprezentatywnych próbkach, czyli takich, które znajdowały się blisko naczyń krwionośnych. Dzięki temu model miał lepszy kontekst do nauki.
Redukcja liczby próbek tła:
- Ostatecznie zredukowałem liczbę próbek tła o około 70%, co sprawiło, że stosunek danych naczyniowych do tła był bardziej zrównoważony.
- Ważne było, żeby nie przesadzić – musiałem zostawić wystarczająco dużo tła, żeby model nie zaczął go mylić z naczyniami.
Zachowanie lokalnych wzorców:
- Dzięki zastosowaniu wycinków 3x3 pikseli model nie stracił lokalnych wzorców, co poprawiło dokładność (accuracy).

Jak działało KNN w tym projekcie?

Ekstrakcja cech:
- Każdy piksel został opisany za pomocą wartości jasności oraz wartości sąsiednich pikseli.
- Dzięki temu model miał więcej informacji o lokalnym kontekście.
Wybór liczby sąsiadów (k):
- Najważniejszym parametrem w KNN jest k – liczba najbliższych sąsiadów, których klasa będzie brana pod uwagę przy klasyfikacji.
- W projekcie przeprowadziłem walidację krzyżową, żeby znaleźć optymalną wartość k.
- Najlepsze wyniki osiągnąłem dla k = 5, co zapewniło równowagę między dokładnością a czułością.
Klasyfikacja:
- Dla każdego pikselu sprawdzane było, jakie klasy mają jego k najbliżsi sąsiedzi.
- Piksel zostawał przypisany do tej klasy, która miała najwięcej reprezentantów w sąsiedztwie.

Wyniki i efekty

Dokładność (accuracy): 89% – całkiem nieźle jak na prosty model bez głębokiego uczenia!
Czułość (recall): 85% – dobrze wykrywał naczynia krwionośne, ale czasami mylił je z cienkimi liniami tła.
Precyzja (precision): 91% – model dość skutecznie unikał fałszywych alarmów (błędnego oznaczania tła jako naczyń).

Wiem, że efekt na pierwszy rzut oka nie powala i można się zastanawiać, jakim cudem udało się uzyskać tak dobre “cyferki” (czyli dokładność). Ale tu właśnie tkwi mały szkopuł, czyli narzucone wymaganie.

Chciałbym zaznaczyć, że do uczenia modelu wykorzystałem wycinki o rozmiarze 3x3 pikseli, ponieważ na tak małych fragmentach model łatwiej wykrywa lokalne wzorce charakterystyczne dla naczyń krwionośnych.

Całkowity rozmiar obrazu to 512x512 pikseli, więc jeśli klasyfikator stwierdził, że dany wycinek to naczynie krwionośne, to te 9 pikseli (3x3) w rezultacie zostało w całości wypełnione na biało.

Zalety i wady KNN

Zalety:

Prostota implementacji – KNN jest bardzo intuicyjny i łatwy do zrozumienia.
Brak trenowania modelu – Cała „nauka” odbywa się w momencie klasyfikacji.

Wady:

Wolne działanie dla dużych zbiorów danych – Każda klasyfikacja wymaga obliczenia odległości do wszystkich punktów treningowych.
Czułość na nieistotne cechy – Wszystkie cechy mają taką samą wagę, co czasami może prowadzić do błędnych klasyfikacji.

FastAi – Głębokie uczenie dla klasyfikacji naczyń krwionośnych

Dlaczego FastAi?

Po przetestowaniu klasycznego KNN postanowiłem pójść krok dalej i zastosować FastAi – framework oparty na PyTorch, który jest świetny do szybkiego prototypowania modeli głębokiego uczenia. FastAi oferuje:

Łatwą integrację z gotowymi modelami (np. ResNet),
Prosty w użyciu interfejs API, który przyspiesza przygotowanie danych i trenowanie modeli,
Zaawansowane techniki optymalizacji (np. learning rate finder).

Jak działało FastAi w projekcie?

Przygotowanie danych:
- Obrazy zostały podzielone na mniejsze fragmenty (patches), aby modele mogły łatwiej nauczyć się wzorców.
- Użyłem FastAi DataBlock API do zarządzania danymi i ich etykietowania.
- Klasyfikacja odbywała się na dwóch poziomach:
  - Naczynia krwionośne,
  - Tło.
Model głębokiego uczenia:
- Wybrałem ResNet34 – lekki, ale wystarczająco mocny model do rozpoznawania naczyń.
- Skorzystałem z transfer learningu, żeby model uczył się na podstawie gotowych wag (ImageNet), co przyspieszyło trening.
- Fine-tuning na ostatnich warstwach pozwolił dostosować model do specyficznego zadania rozpoznawania naczyń krwionośnych.
Trenowanie i optymalizacja:
- Trenowałem model przy użyciu learning rate finder FastAi, co pomogło dobrać optymalny współczynnik uczenia.
- Augmentacja danych (rotacje, odbicia, zmiana jasności) pomogła zwiększyć różnorodność danych treningowych i poprawiła ogólną wydajność modelu.

Wyniki i efekty

Dokładność (accuracy): 92% – co jest wyraźną poprawą w porównaniu do KNN.
Czułość (recall): 90% – model świetnie radził sobie z rozpoznawaniem naczyń nawet w trudniejszych przypadkach.
Precyzja (precision): 94% – minimalna liczba fałszywych alarmów i bardzo precyzyjne wykrywanie naczyń.

Zalety i wady FastAi

Zalety:

Wysoka dokładność – Model głębokiego uczenia znacznie przewyższał KNN pod względem dokładności.
Możliwość fine-tuningu – Dzięki transfer learningowi i fine-tuningowi model szybko dostosował się do specyfiki obrazów medycznych.
Proste API – FastAi pozwala na szybkie eksperymentowanie z różnymi modelami i parametrami.

Wady:

Wysokie wymagania sprzętowe – Modele głębokiego uczenia wymagają mocnego GPU do efektywnego treningu, sam korzsytałem z Kaggle do fine tuningu.

Pierwszy krok w świecie uczenia maszynowego

Muszę przyznać, że to mój pierwszy indywidualny projekt związany z uczeniem maszynowym i computer vision. Poznałem w praktyce działanie KNN oraz FastAi, zrozumiałem, jak potężne są techniki przetwarzania obrazu i jak radzić sobie z problemem niezbalansowanych danych za pomocą undersamplingu. Satysfakcja z wyniku przetwarzania była ogromna, jednakże sam projekt uświadomił mi również, że jestem dopiero na początku drogi.

Pomimo wielu błędów i frustracji, poczułem prawdziwą zajawkę na uczenie maszynowe. Kombinowanie z danymi, testowanie modeli i optymalizacja algorytmów okazały się czymś, co naprawdę mnie kręci. Wiem, że przede mną jeszcze mnóstwo nauki – zaawansowane architektury sieci neuronowych, optymalizacja hiperparametrów, wydajność na GPU – ale jestem na to gotowy.

Jeśli chcesz zobaczyć kod źródłowy albo dowiedzieć się więcej, zajrzyj do repozytorium na GitHubie. Może ten projekt zainspiruje Cię do rozpoczęcia własnej przygody z AI?

Numpy on Benedykt Huszcza | Blog

Vessel Extraction – Przetwarzanie Obrazów z Wykorzystaniem Pythona i OpenCV

Słowem wstępu

K-Nearest Neighbors (KNN) – Klasyfikacja naczyń krwionośnych

Czym jest K-Nearest Neighbors?

Undersampling – Jak poradziłem sobie z niezbalansowanymi danymi?

Jakie były wyzwania?

Jak sobie z tym poradziłem?

Jak działało KNN w tym projekcie?

Wyniki i efekty

Zalety i wady KNN

FastAi – Głębokie uczenie dla klasyfikacji naczyń krwionośnych

Dlaczego FastAi?

Jak działało FastAi w projekcie?

Wyniki i efekty

Zalety i wady FastAi

Pierwszy krok w świecie uczenia maszynowego